Le règlement intérieur porte sur les modalités de fonctionnement internes de la Fondation et arrête les modalités d’exécution des statuts.
La gestion de la Fondation est assurée par le Conseil d’administration et le Bureau. Le Conseil d’administration est assisté par deux Conseils techniques : le Conseil scientifique et le Conseil d’orientation. Le Président de la Fondation en est l’exécutif et le représentant. Il peut déléguer certains pouvoirs au Directeur Général et aux Directeurs d’établissements. Le Directeur Général peut les subdéléguer après accord formel du Président au Directeur Général Adjoint et aux Directeurs d’établissements (sous réserve du respect des fonctions du Directeur Général et Directeur Général Adjoint).